El Programa ha definido como objeto de estudio los organismos vivos, su composición, estructura y funcionalidad, entendidos estos como sistemas dinámicos, que se manifiestan desde distintos niveles de organización natural, como: sistemas genéticos moleculares, sistemas celulares, sistemas de tejidos y de órganos, sistemas de organismos, hasta ecosistemas. Caracterizados de manera fundamental por su complejidad y funcionamiento integral.
El conocimiento de los procesos que permiten a estos sistemas vivos persistir, crecer, desarrollarse, reproducirse y transformarse, a través de procesos permanentes de intercambio e interacción dinámica con el ambiente, es entonces el objetivo fundamental del programa.
Los elementos anteriores constituyen, en el más amplio sentido, la diversidad biológica o biodiversidad, entendido este concepto como la variabilidad de organismos vivos de cualquier fuente, que incluye, entre otros aspectos, las especies, los complejos ecológicos de los que forman parte las especies y la variabilidad de su material genético.
Biodiversidad que es reconocida como un recurso estratégico natural porque contribuye a sustentar los procesos que garantizan el desarrollo humano sostenible, y es reconocida a través de políticas internacionales y nacionales tales como el (CDB), asumido por Colombia a través de la Ley 165 de 1994, y la Política Nacional Convenio sobre la Diversidad Biológica de Gestión integral de la Biodiversidad y los Servicios Ecosistémicos (PNGIBSE).